২০০৫ সালের ২৬ মে ইংল্যান্ডের বিপক্ষে লর্ডসে টেস্টের মাধ্যমে আন্তর্জাতিক ক্রিকেটে অভিষেক হয় তার। ওই টেস্টের দুই ইনিংসে ১৩ ও ৩ রান করে আউট হন তিনি। 

২০১১ সালের সেপ্টেম্বরে প্রথমবারের মতো জাতীয় দলের অধিনায়কত্ব পান তিনি। তার নেতৃত্বেই ঘরের মাঠে ইংল্যান্ড ও অস্ট্রেলিয়াকে টেস্টে হারায় বাংলাদেশ। ২০১৭ সালে অনেকটা তিক্ততা নিয়ে জাতীয় দলের অধিনায়কত্ব ছাড়তে হয় মুশফিককে। 

২০১৪ সালের ২৫ সেপ্টেম্বর বিয়ে করেন তিনি। স্ত্রী জান্নাতুল কিফায়াত সম্পর্কে জাতীয় দলের আরেক তারকা মাহমুদুল্লাহ রিয়াদের শ্যালিকা।

২০১৮ সালের ৫ ফেব্রুয়ারি প্রথমবারের মতো বাবা হন মুশফিকুর রহিম। তার প্রথম সন্তানের নাম শাহরুজ রহিম মায়ান।